裕固人最初信仰原始宗教——萨满教，公元7世纪以后，摩尼教传入，唐代以后裕固族先民在进入河西后接受了汉传佛教，后来受到藏族的影响，开始信仰藏传佛教。但由于语言文字方面的障碍以及在中华人民共和国成立以前裕固族人口的稀少等原因，使得藏传佛教传入到裕固族地区以后，发生了一些变化。再者，由于各种原因，宗教信仰在裕固人的信仰世界中，并没有留下根深蒂固的影响。从20世纪80年代初开始，中国许多地区出现了宗教信仰上的“反弹”现象，但在裕固族地区却没有出现类似现象。到目前为止，原来被毁的寺院中，也仅有长沟寺、明海寺和康隆寺得到了有限的恢复，总共也只有四五个僧人。因此，在总体上，当代裕固人，特别是年轻人的宗教信仰意识趋向淡薄。