高山族传统习俗盛行灵魂崇拜及祭祀。灵魂，被认为充斥于宇宙万物，这种泛神论观念存在于扑朔迷离的图腾神话和图腾艺术里面，也体现于繁缛冗长的祭祀仪礼之中。在高山族诸族群的神话传说追溯人类生于巨石、大树、蛇、虫、鸟等，排湾人在门楣窗檐以及人体上有关百步蛇与人头的纹饰，曹人对榕树的祭礼与禁忌，都是泛神论观念的产物。高山族各族群对灵魂有不同的称呼，但对灵魂的理解基本上是一致的，几乎都认为灵魂无影无踪，但随时可以感觉到。在高山族社会中，许多部落普遍把开基创业的祖先奉若神明，顶礼膜拜。因此，举凡农事、出猎、捕鱼以及祭祀庆典，必祭祀祖灵。高山族曾有敌灵崇拜，除雅美人之外，其他族群过去都盛行“猎首”之风。他们深信，敌人亡灵具有特殊的魔力，既能庇护本族人寿年丰，又有威慑、抵御甚至谋害外敌的灵力。“猎首”习俗在清代开始衰微，到20世纪初彻底绝迹。

高山族各族的祭祀活动很多，诸如：祖灵祭、谷神祭、山神祭、猎神祭、结婚祭、丰收祭等种种，以五年祭最为隆重。届时除摆酒席供品外，还伴以各种文体活动。